اهداف کلی مرکز تحقیقات ام اس:
- ارتقاء سطح سلامت و کیفیت زندگی بیماران ام اس
- افزایش رضایتمندی بیماران از خدمات درمانی مرکز
- ارتقاء جایگاه علمی مرکز در سطح ملی و بین المللی
- افزایش توانمندی های تحقیقاتی و ارتقاء دانش علوم در زمینه ی ام اس
- تقویت ارتباطات بین بخشی در سطح ملی
- توسعه ی ارتباطات بین المللی
- توسعه ی ارتباط با صنعت
- بهبود کمی و کیفی آموزش
- ارتقاء ارائه ی خدمات نوین در بخش آموزش و درمان
- افزایش مشارکت در ارتباط با سیاست گذاری های کشور